A APEE tem vindo a desenvolver, desde o início da sua atividade, projetos nas mais variadas áreas. Umas das suas áreas de atuação é a responsabilidade social, com projetos como o PME Social e o Práticas RS, que se destinam a desenvolver e implementar junto de PMEs boas práticas de responsabilidade social.
Além da área da responsabilidade social, a APEE também desenvolveu projetos nas áreas da igualdade de género, de que são exemplos o projeto Aequalitate e Diálogo Social e Igualdade nas Empresas, empreendedorismo feminino, através do projeto 6º sentido.
A APEE realizou o projeto PME Sustentável, que visa capacitar as PME sediadas a Centro e Norte para dar resposta aos desafios decorrentes da Diretiva 2014/95/UE enquanto fornecedoras/parceiras de Grandes Empresas, potenciando a economia verde e uma utilização mais eficiente dos recursos naturais.